Dal cortile quadrato del Castillo de San Marcos si ha accesso quasi a tutte le stanze. Quelle che si affacciano sul cortile venivano usate per depositare i viveri e le munizioni. Originariamente, il cortile era probabilmente ricoperto interamente di sabbia ed era chiamato “il posto delle armi”.
I soldati si riunivano nel cortile diverse volte alla settimana per fare addestramento, proprio come fanno i soldati nella ricostruzione della foto sopra.
Questo era anche il luogo in cui vivevano gli abitanti di St. Augustine quando la città subiva attacchi o era sotto assedio.
Si narra che quando la città venne attaccata dagli inglesi nel 1702, circa 1500 persone tra cittadini e soldati furono raggruppati nella fortezza per ben 51 giorni.
Intorno al 1740, la terrazza del Castillo de San Marcos raggruppava circa 74 cannoni. La vista da questa terrazza si estendeva per chilometri e, considerando che il cannone più grande aveva un raggio di azione di più di 5 chilometri e mezzo, arrivava abbastanza lontano da potersi difendere facilmente dagli attacchi sia per terra che per mare.